В ГИФКСА осуществляется магистерское образование по восьми специальностям

● Профессиональная педагогика ։ 011401.09.7 Физическое воспитание и спортивные тренировки очный, заочный
● Профессиональная педагогика ։ 011401.10.7 Физическое воспитание и адаптивная физическая культура очный, заочный
● Спорт ։ 101401.02.7 Оздоровительная физическая культура (кинезиология) очный, заочный
● Спорт ։ 101401.03.7 Адаптивный спорт заочный
● Журналистика։ 032101.01.7 Журналистика очный, заочный
● Психология ։ 031301.01.7 Психология очный
● Управление ։ 041301.01.7 Управление очный
● Маркетинг ։ 041401.01.7 Маркетинг очный
● Туризм ։ 101501.06.7 Спортивный туризм очный

Прием в магистратуру осуществляется в конкурсном порядке.