В ГИФКСА осуществляется магистерское образование по восьми специальностям

● Профессиональная педагогика ։ 011401.09.7 Физическое воспитание и спортивные тренировки
● Профессиональная педагогика ։ 011401.10.7 Физическое воспитание и адаптивная физическая культура
● Спорт ։ 101401.02.7 Оздоровительная физическая культура (кинезиология)
● Журналистика։ 032101.01.7 Журналистика
● Психология ։ 031301.01.7 Психология
● Управление ։ 041301.01.7 Управление
● Маркетинг ։ 041401.01.7 Маркетинг
● Туризм ։ 101501.06.7 Спортивный туризм

Прием в магистратуру осуществляется в конкурсном порядке.